Danmarks byer spillede en nøglerolle i forandringerne af det danske samfund fra 1550 til 1850, det vil sige fra omkring Reformationen frem til industrialiseringen. Nye, protestantiske institutioner voksede frem sammen med en styrket og snart enevældig kongemagt. Krige og kriser bremsede købstædernes vækst, mens København voksede som hovedstad for den samlede helstat. Da den krakelerede med Napoleonskrigene, ramte en afmatning København, mens provinsbyerne oplevede en opblomstring, der formede grundstammen i det system af byer, vi kender i dag.