I lastrummet på en efterladt varevogn på Østerbro ligger en død mand. Han er nøgen, lemlæstet og tydeligvis likvideret. Den dødes tilstand peger på et opgør blandt Københavns mest kyniske kriminelle, men efterforskerne Mikael Dirk og Frederik Dahlin har svært ved at få billedet til at passe. Ufrivilligt rodes politihistoriker Maria Just ind i sagen, mens hendes eget liv er i opløsning. Hendes forhold til ungdomskæresten Jakob er forbi, Mikael Dirk har lagt afstand til hende, og oveni det truer en nyansat forsker hendes karriere på Politimuseet. Først da en afdød kvindes dagbog om en gammel uopklaret børnesag finder vej til hende, aner Maria en mulighed for at genvinde det tabte. I sin iver for at finde sandheden begår hun imidlertid en fejl, som risikerer at koste hende alt. På Christiansborg forsøger den skandaleombruste statsminister Troels Mejding at sikre sit eftermæle, men den verserende sag og den mystiske dagbog afslører lidt efter lidt fortidens synder og kaster skygger over statsministeren og flere magtfulde mennesker omkring ham.

Natjæger er tredje selvstændige bind i serien om Maria Just.