Erik Klipping er blevet myrdet, tilsyneladende i Finderup lade.
Kongemordet benytter dronning Agnes til at skaffe sine politiske modstandere af vejen, ved at dømme dem medskyldige i mordet på hendes mand. Som en konsekvens heraf føres landet herefter ud i en blodig borgerkrig anført af marsk Stig. Nonneklosteret Stubber Kloster er beliggende i hedeområdet ved Flyndersø i Nordvestjylland, mellem Skive, Holstebro og Viborg. Det var her den unge priorinde på Stubber Kloster residerede, hun har vigtige oplysninger om kongemordet. Og gennem den magtfulde position som priorinde, og via sit slægtskab med Hviderne, som er oprørernes parti, har hun svært ved at holde sit kloster upartisk i striden. Men klosteret undersøges nu for sin meddelagtighed i kongemordet. Samtidig har Stubber Kloster i lighed med mange andre klostre, et uhørt dårligt forhold til bisperne, og biskop Tyge i Ribe forsøger med alle midler, at få fingre i det velhavende klosters værdier. Romanen foregår hovedsageligt på Stubber Kloster, og Kirstine opnår ved dygtighed og snilde at få stormændenes, de øvrige klostres og bøndernes anerkendelse, og hun bliver således en magtfaktor på egnen. Priorinden er desuden en kærlighedshistorie, der handler om længsler og farlige intriger indenfor kirkens mure.